Die "Würzburger Burschenschaft Arminia" (WB! Arminia) ist hervorgegangen aus der am 12.12.1848 gegründeten Studentenverbindung "Palladia", welche die Pflege der Wissenschaft und die Entwicklung des freien Studententums zum Ziel hatte. Nachdem studentische Verbindungen zunächst auf Grund der Karlsbader Beschlüsse von 1819 verboten wurden, wurde im Laufe des Jahres 1848 das freie Assoziationsrecht der Studierenden an den bayerischen Hochschulen gewährt, wodurch die Gründung der "Palladia" ermöglicht wurde.

Die Studentenverbindung "Palladia" änderte im Juni 1850 ihren Namen in "Teutonia" und führte das öffentliche Tragen der Verbindungsfarben ein, welche damals noch "Blau-Weiß-Gold" waren. Zudem gab sich die "Teutonia" neue "Tendenzstatuten" mit Lebensbundprinzip, demokratischen Grundsätzen und Paukpflicht. Seit Mitte der 1850er Jahre hatte sich der burschenschaftliche Charakter der "Teutonia" ausgeprägt. Aus diesem Grund trat die "Teutonia" im WS 1856/57 dem germanistischen Burschenschaftskartell bei, welches die politische Ausbildung der Mitglieder zur Herbeiführung der Einigkeit Deutschlands auf volkstümlicher Basis zum Ziel hatte. Am Himmelfahrtstag 1859 wurde der Wechsel zu den jahrzentelang verbotenen, alt-burschenschaftlichen Farben "schwarz-rot-gold" auf dem Schwanberg in der Nähe von Kitzingen vollzogen. Aus diesem Grund wandern die "Arminen" jedes Jahr am gleichen Tag zur Erinnerung auf den Schwanberg und trefen sich anschließend mit ihren Angehörigen in Iphofen.

Im WS 1859/60 erging der Beschluss, vorübergehend auf Grund des Mitgliederschwunds, keine Farben mehr zu tragen. Als letztes Mitglied der "Teutonia" trat Alexander Scopin am 10.11.1859 der allgemeinen Studentenverbindung "Wirceburgia" an. Am 14.07.1860 gründete Alexander Scopin mit 21 weiteren Mitgliedern der "Wirceburgia" die Würzburger Burschenschaft Arminia, welche vom Philisterium der ehemaligen "Teutonia" als direkte Fortsetzung dieser Burschenschaft anerkannt wurde. Am Himmelfahrtstag 1863 wurden die Farben, ebenfalls auf dem Schwanberg bei Kitzingen, zu den heute noch gültigen "schwarz-gold-karmesinrot" gewechselt.

Als damals einzige Burschenschaft am Ort unterstützte die "Arminia" im Jahre 1878 durch Abstellen von zwei Aktiven die Gründung einer zweiten Burschenschaft "Cimbria", welche seitdem gemeinsam mit den Arminen den burschenschaftlichen DC in Würzburg bildete.

Nach Jahrzehnten der Festigung der "Arminia" wurde im Jahr 1900 der Hausbauverein Arminenheim e.V. gegründet, welcher am 26.07.1905 den Grundstein für das heutige Arminenhaus in der Rottendorfer Straße legte. Bereits ein Jahr später, am 22.10.1906, wurde das neu entstandene Bundeshaus eingeweiht.

Auf Grund eines aus Sachzwängen der damaligen Zeit geborenen Beschlusses der Bundesversammlung hörte die WB! Arminia am 31.05.1936 formell zu bestehen auf. Eine kleine Gruppe bewahrte jedoch in den Jahren bis 1945 das Erbe der WB! Arminia und setzte trotz Verbots das aktive Bundesleben bis zum allgemeinen Zusammenbruch des Reiches im Frühjahr 1945 fort.

Das Arminenhaus wurde jedoch am Tage der Bombardierung Würzburgs durch die Alliierten am 16.03.1945 von einer Brandbombe getroffen und brannte bis auf die Grundmauern aus.
Die Tradition der Burschenschaft Arminia wurde durch die mit den Farben "blau-weiß-gold" am 23.07.1948 gegründeten Studentenverbindung "Palladia" fortgeführt. Im Rahmen der Neugründung der WB! Arminia am 22.10.1949 wurde die "Palladia" als Aktivitas der Arminia übernommen.

Am 05.06.1954 fusionierte die Würzburger Burschenschaft Arminia mit der Brünner Burschenschaft Moravia, zu welcher eine lange Freundschaft bestand. Die Moraven konstituierten sich am 17.09.1950 nach der gewaltsamen Vertreibung aus der Tschechoslowakei nach Ende des Krieges in Würzburg neu. Die verbliebenen 79 Moraven, 30 waren im Krieg entweder gefallen oder vermisst gemeldet, schlossen mit der Würzburger Burschenschaft Arminia ein Patenschaftsabkommen. Das sich daraus entwickelnde enge Verhältnis führte zu der bereits erwähnten Fusion. Bis heute tragen alle Arminen am Stiftungsfest das "schwarz-weiß-blaue" Band der Moraven. Ebenso wird das Moravenband vom Vorsitzenden des Philistervorstands und vom Sprecher der Aktivitas ständig getragen.

Am 04.05.1957 wurde das durch Mitglieder der WB! Arminia und der ehemaligen BB! Moravia unter großem Einsatz wieder aufgebaute Arminenhaus eingeweiht.

Am 08.06.1996 beschloss die Bundesversammlung der WB! Arminia den Austritt aus dem Dachverband "Deutsche Burschenschaft" (DB) mit Wirkung zum 31.12.1996. Seit dem 01.01.1997 ist die WB! Arminia eine freie Burschenschaft und sucht den Kontakt zu anderen Burschenschaften über Freundschaftsverhältnisse. So wurde am 02.02.2008 zusammen mit der Straßburger Burschenschaft Arminia zu Tübingen und der Burschenschaft Holzminda Göttingen das Kartell Roter Burschenschaften gegründet, zu welchem mittlerweile die Gießener Burschenschaft Germania und die Freiburger Burschenschaft Teutonia gehören.